III. Yüzyılın sonlarında Azize Gayene ve Hripsime Hz. İsa’nın çarmıha gerildiği haçın bir parçasını buraya getirmişlerdir. Söylentiye göre haçın bu parçası bir keşiş tarafından Varag Dağı’nda bulunmuş ve Varagavank Manastırı’na götürülmüştür. VII. Yüzyıldan sonra da bu haç parçası kaybolmuştur. Kral Serekerim’in bu manastırı genişleterek yenilemesi de bu haça bağlanmaktadır.
            Tamamı Varak Vank Manastırı olarak adlandırılan yedi ayrı kilise ve yapıdan oluşmaktadır. Yapılar değişik zamanlarda birbirine eklenmiştir. Manastırı teşkil eden yedi kilisenin en eskisi St. Sophia Kilisesi’dir. VIII. Yüzyılda inşa edilmiş olup, sadece apsisi mevcuttur. İkincisi yapı ise günümüzde yıkık olan St. John Kilisesi bir diğer adıyla Aziz Yahya Kilisesi’dir.

1003–1021 tarihleri arasında inşa edilen Kutsal Meryem Ana Kilisesi Dıştan doğu batı doğrultusunda dikdörtgen planlı yapı, içten dörtlü yonca planlı olarak yapılmıştır. İç mekânı dört yöne açılmış, yarım daire planlı nişlerle köşelere yerleştirilmiş odalar oluşturmaktadır. Kapı dıştan içe doğru kademelenme yapan çeşitli silme ve bordürlerle çerçevelenmiştir. Çerçeve, sivri kemerli olarak kapıyı kuşatmaktadır. Burası zengin bir süsleme anlayışı ile tertip edilmiştir. Mukarnaslar, rumiler, haç motifleri ve kaval silmeler bu hareketliliği artırıcı unsurlardır.Kilisenin batısına Aziz Kevork Jamatonu olarak bilinen bir jamatun eklenmiştir. Sivri kemerlerle birbirinden ayrılmış bölümlerin her biri kubbe ile örtülmüştür. kubbeli tonozlara sahiptir. Jamatundan kiliseye geçiş kapısı özellikle çok süslüdür ve Ermeni, Türk ve Fars motifleri karışımından faydalanmıştır.

 Bununla batı cephesinde yer alan portal dikkat çekicidir.  Sivri kemer formunda, mukarnaslı, kaval ve oluk silmelerle teşkil edilmiştir. Ayrıca jamaton içerisinde duvar ve payeler fresklerle süslenmiştir. Jamatunun içindeki bağımsız ve yarı sütunların üstünde, Azize Hripsime, Azize Gayane, baş meleklerden Mikail ve Cebrail, başka azizler, ruhbani şahıslar ve jamatunun hamisi Kirakos\'un freskleri gösterilir.  bir diğer yap ise günümüzde yıkılmış bulunan St. Seal şapelidir. Kutsal Meryem Ana Kilisesi’nin kuzey batısına bitişik olarak yapılmış ve kiliseden bir koridorla geçilmektedir. Jamatonun kuzeyindeki Kutsal Haç Kilisesi, 1817’de eklenmiştir. Doğu batı doğrultusunda uzanan tek nefli bir yapıdır. Bir süre manastırın kütüphanesi vazifesini görmüştür Malzeme olarak kaba yonu taşlar kullanılmıştır.

Diğer bir yapı ise, jamatonun güney duvarına 1849 yılında eklenmiş olan St. Sion Kilisesi’dir. Bu da dikdörtgen planlı ve tek bölümlüdür. Üzeri doğu batı doğrultusunda uzanan beşik tonozla örtülüdür. Jamatonun batısına eklenen çan kulesinin alt kısmı üç gözlü revak şeklinde düzenlenmiştir. Bunun üzerindeki çan kulesi yıkılmıştır. Ortadaki iki sütunun başlıkları dikkat çekmektedir. İki yandan duvarlarla kapatılmış üç gözün üzerleri beşik tonozla örtülüdür.